但是，在知识产权侵权纠纷方面，仲裁方式是否能够成为纠纷解决途径，还面临着理论障碍需要加以突破。
1、知识产权侵权纠纷适用仲裁的理论障碍
以仲裁方式解决知识产权侵权纠纷，主要的理论障碍有两点，第一，依据传统理论，仲裁方式只适用于合同纠纷，不能适用于侵权纠纷。第二，知识产权往往需要通过行政授权方式取得。因行政权授予的权利产生纠纷，适用仲裁方式解决时会面临着仲裁如何与行政程序进行对接的问题。
这两个问题的逻辑层次是，第一个能否做的问题，也就是仲裁方式解决知识产权侵权纠纷的可行性。第 二个是怎么做的问题，也就是在具有可行性的前提下，如何创新仲裁制度以适应知识产权侵权纠纷案件的特点。
2、知识产权侵权纠纷与仲裁的契合点
侵权行为是侵害他人财产、人身以及知识产权等绝对权的行为。侵权行为与合同行为的一个重要区别就是，侵权法保护的对象主要是绝对权，而合同法保护的对象是相对权，也就是合同债权。
3、有人认为侵权纠纷应该排除在仲裁之外，理由有二：一是侵权纠纷由于行为人侵犯的总是绝对权利，总是与行为人过错联系在一起，而不是像在合同关系中空间是哪一方的过错常常需要作出判断，因此侵权关系中一方享有绝对权利，是受侵害的一方，另一方由于实施侵害行为而有过错，双方地位不平等，不适于仲裁解决。二是侵权行为的侵害对象包括人身权，而人身权案件是不在仲裁适用范围之内的。因此，侵权案件也不应该在仲裁的适用范围之内了。