1.公司发工资是银行代发，但是一些小公司可以是由财务人员手工转款的。银行代发既减轻了财务部门发放工资工作的繁重，又有效地避免了财务去银行提取大笔款项所承担的风险，同时还提高了对员工个人工资的保密程序。
2.法律依据：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》 第三十四条 企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。前款所称工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。