依据我国相关法律的规定，在办理商标转让期间，公司是可以依法注销的，公司清算结束后，制作清算报告，报送公司登记机关，申请注销公司登记。
《中华人民共和国公司法》第一百八十八条公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
《中华人民共和国商标法》第四十二条转让注册商标的，转让人和受让人应当签订转让协议，并共同向商标局提出申请。受让人应当保证使用该注册商标的商品质量。
转让注册商标的，商标注册人对其在同一种商品上注册的近似的商标，或者在类似商品上注册的相同或者近似的商标，应当一并转让。
对容易导致混淆或者有其他不良影响的转让，商标局不予核准，书面通知申请人并说明理由。
转让注册商标经核准后，予以公告。受让人自公告之日起享有商标专用权。