公司合并由股东会作出特别决议的法律依据：

公司合并是剥夺当事公司独立性而将企业结合在一起的最极端的企业结合形态，涉及到公司的生存发展，对公司股东具有直接重大利益关系。因此，公司合并属股东会决议事项，公司合并应实行股东决议制度。对于这种股东决议制度美国、日本、德国、法等国的公司法几乎都做了详细的规定。

我国《公司法》38、39、103、106条规定，公同合并，应当由公司的股东会做出决议，有限责任公司的股东会对公司合并做出决议，必须经代表2/3以上表决权的股东通过。股份有限公司的股东大会对公司合并做出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。也就是说，合并的股东决议制度适用资本多数决议原则，这也是国内外的通例。我国公司法虽然规定了资本多数决议原则，但是对出席股东会的人数未做明确的规定，因此，基于对小股东利益的考虑，有必要在《公司法》中对股东大会股东最低出席比例做出明确规定，“规定股份有限公司股东大会只有在出席会议的股东人数达到股东总人数的一定比例时才能召开。股东会决议必须经出席会议的股东所持表决权的一定比例以上通过。这样，才能有效地防止少数大股东操纵股东大会决议的行为,保证股东大会决议充分反映大部分股东的意志,保护股东的合法权益。”