1、切除根部。在金针菇根部水培方法中最初的一步就是要将其根部进行切除，要注意金针菇的根部需要是新鲜的并且完整未受损，之后用刀将其从根部位置直接切断。一般是在其根部摸起来硬并且呈现深颜色的位置，将其进行切断。

2、准备溶液。要准备好适合金针菇根部水培的溶液，可以选择大小适宜的碗，之后再里面装上清水，水位应该在切下的金针一般部位。然后还要对水中添加5～8滴小苏打，用筷子将其搅拌均匀，使其溶液能够更适宜金针菇根部的生长。

3、水培入碗。将吸水不易腐烂的湿巾铺在水面上，然后再把切好的金针菇根部摆放在纸巾上，促使其更好吸收水分生根生长。之后要将碗上方用塑料薄膜或者是保鲜膜进行密封，使其保持适宜的温度湿度可更好生根。

4、生根养护。注意将其摆放在阴凉无光的位置，将金针菇根部生长温度控制在8～15℃左右。要记得每天要薄膜揭起进行一次透气。一般在养护一周左右其根部会重新生长，在半月左右金针菇就差不多生长成熟可采摘了。