1、两者元素结构的排列不一样。天珠表面的颜色结构与珠体内部颜色结构不同；而玛瑙珠表面颜色结构与珠体内部结构颜色相同。

2、两者硬度不同。玛瑙的硬度7，比重2.57～2.64克/立方厘米；天珠的硬度8，比重3.49-3.57克/立方厘米。

3、两者本质不同。玛瑙是天然形成的，是混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体；天珠是料器，也就是人工制成的，一般来说有玉髓，琉璃等材料。