1、在茫茫宇宙的某个世界“魔法仙境”里，善良和邪恶势力进行斗争，在这个奇幻世界中，存在仙灵（winx）、女巫（witch）、小精灵（pixie）、一般人类以及许多其它各式各样的种族或专业。在第一季到第三季中，身为故事主线角色的仙子们平时住在艾菲城学院内相处、学习，处理恋爱上的问题，还要在各种邪恶势力造成威胁的时候挺身奋战。到了第四季已经毕业，因任务前往地球，除了开一间宠物店，仍然要。 住在地球花园市的一个平凡女孩“蕾儿”，在因缘之下认识了一位仙子丝黛娜之后，进入魔法仙境的艾菲城学院就读，在那里结交了几位仙子朋友，并共同成立了“神奇仙子”。

2、一开始来自黑云塔学院的三妖后原本主要找神奇仙子麻烦，红山泉学院的男角色也相继出现。蕾儿逐渐发现自己的身世，并得知自己是神龙圣火的守护天女。三妖后自从被逐出黑云塔学院以后找到机会对蕾儿下手，夺走神龙圣火之力，召唤魔物大军席卷整个魔法仙境。蕾儿恢复法力，和神奇仙子同伴们阻止三妖后，最终击败三妖后夺回神龙圣火化解危机。 某日，仙子莱拉从达卡魔王手中逃脱，昏迷在树林边被蕾儿的神奇仙子所救，之后加入神奇仙子并跟着就读艾菲城学院。而三妖后被安置在光圣修道院进行感化教育。达卡魔王入侵光圣修道院带走三妖后并收编，命她们为自己寻找秘笈，好解放自己的力量。随着四部秘笈集齐，达卡魔王成功设计虏获蕾儿并将她转变为黑暗蕾儿，欲藉神龙圣火之力启动秘笈力量，三妖后则以失去利用价值被囚禁。蕾儿最后在蓝天呼唤下清醒，神奇仙子在启动魔法仙咒（Charmix）的情况下完成聚合力魔法击败达卡魔王。艾菲城学院、红山泉学院和黑云塔学院的联盟再次成功，大家回到艾菲城学院庆祝。另一方面，三妖后也逃脱达卡魔王的囚禁。 神奇仙子接受法拉刚达的聘书，以魔法老师的身分回到艾菲城学院。不久四位神秘的巫师闯进艾菲城学院发动攻击，以压倒性优势击败神奇仙子。当他们抓住蕾儿的时候发现蕾儿不是他们的目标，便丢下蕾儿离开。法拉刚达这才告诉神奇仙子那些巫师是暗黑界巫师，就是他们让地球仙子绝迹。

3、神奇仙子后来到小精灵村，得知地球上还有最后一位仙子。如果让巫师抓到最后一位仙子，他们就所向无敌。法拉刚达派神奇仙子前往地球，除了找出地球最后一位仙子，还要让地球人相信仙子的存在。在神奇仙子前往地球后，圣英雄也跟上支援。神奇仙子在地球上进行任务兼修行。让越多地球人相信仙子，神奇仙子越强大，巫师们越衰弱。神奇仙子在地球上试过几项工作后，开了一间魔法宠物店─Love&Pet;。

4、圣英雄也在类似的遭遇后，在水果音乐吧工作。神奇仙子先找到地球最后一位仙子─萝西并让她相信仙子，得到超神灵女(Believix)的力量。后来又得到三种仙翅与三种神之恩赐。一方面要让更多人相信仙子、阻止巫师的阴谋，另一方面在释放地球仙子后要化解地球仙子的报复之心。

5、最后人类接受仙子，巫师被击败，萝西的亲生母亲地球仙后茉佳娜也在传位给星云以后和萝西与萝西父亲克劳团聚。