1、类别不同。头孢是一类药物，种类比较多，而阿莫西林是青霉素的衍生物，是属于青霉素类的药物，是具体单一的。

2、用途不同。一般的细菌感染早期的时候，可以使用青霉素，也就是阿莫西林。当细菌感染已经经过早期得到话，就会出现耐药菌株，这个时候青霉素类的药物就失去作用。在这个时候，可以使用能够应对重度感染的头孢类药物。

3、安全性不同。头孢类药物要更加安全一些，现在的头孢是四代头孢，已经克服之前几代头孢中存在的毒性，相对比较安全。青霉素类药物更容易导致过敏。