员工自动离职后，用人单位应该支付工资。但是，如果劳动者自动离职给用人单位造成的损失，用人单位可以单独起诉劳动者要求该劳动者承担。

如果用人单位拒绝支付工资，劳动者可以申请劳动仲裁，要求支付。

1、去当地人力资源和社会保障局(原劳动局)内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁。需提交的材料：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份;相关证据复印件和证据清单2份;部分地区还需要提供用人单位的工商登记信息!

2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案。劳动仲裁委不收费。然后给双方举证期;之后开庭审理，并且对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书;劳动仲裁60天内结案;对于裁决书不服，我们可以起诉到法院;

3、可以不请当地律师代理，自己亲自处理，我可以为你提供远程指导(相关法律文书我写好发给你后，你打印即可)，一样能胜诉;

4、申请劳动仲裁期间，不耽误你去新单位工作!

5、法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第2条、《工资支付暂行规定》第4、5条。