总公司中标以后由分公司与招标人签订合同不符合招投标法的规定。分公司虽然不是独立的法人，但分公司也应当按规定办理工商登记领取营业执照。分公司可以在总公司的授权范围内从事经营活动，可以对外签订合同。

实质上，总公司与分公司之间是代理的法律关系，分公司是总公司的代理人。总公司授权分公司在一定范围内进行经营活动，分公司在总公司授权范围内对外签订的合同有效的。

基于招投标法规定“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同”，故我们建议由总公司和招标人签订合同，然后总公司、分公司和招标人签订三方协议，约定分公司为招标人提供施工服务，分公司直接与招标人结算工程款的，由分公司缴纳增值税并向招标人开具增值税发票，招标人可凭实际提供建筑服务的纳税人即分公司开具的增值税专用发票抵扣进项税额。