依照法律的规定，有限公司的合并决议必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。股份有限公司的合并决议必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。那么，公司合并决议通过，但反对公司合并的股东该怎样处理呢?

依照《公司法》的规定，对公司合并投反对票的股东可以选择依照最终的决议，参与公司合并。另外，对公司合并决议持异议的股东有权要求公司以合理价格收购其股份。