有效,并且与主合同不一致的地方,以补充协议为准。购房补充协议的注意事项：

(一)辨别文字游戏，以免开发商推脱责任。例如，合同约定了违约金比例但补充协议里开发商有约定不超过某个比例，这样违约过了一定时间实际就不用支付违约金了。

(二)警惕开发商利用补充协议转嫁风险。例如合同里对延期交付作了规定，但补充协议里开发商约定遇到异常困难不能按时交付不属于违约，这种异常困难是什么，容易扯皮。

(三)注意优先效力，避免纠纷。仔细看补充协议的效力，防止开发商约定合同效力优先，那么有利于购房者的补充协议就形同虚设了。