男方失踪100年也是不能自动判决离婚的，《婚姻法》规定夫妻双方因感情不和分居满两年一方起诉到法院经调解无效应准予离婚，但不是分居满两年婚姻关系就自动解除，更不是离婚前必须先分居两年。法院解除婚姻关系的判断标准是夫妻感情是否破裂，而分居只是认定感情破裂的因素之一。分居时间的长短不是离婚的程序和方式。要想达到解除婚姻关系的目的必须通过法律规定的解除婚姻关系的途径去办理。