首先明确以下几点：

一、你公司的税收是网上申报还是手工申报

若网上申报，则税款直接从软件上申报。

若手工申报的，税款一律在税务局的征收大厅申报。

二、对于你提到的个人所得税分为两种

1.企业开通网上申报的可直接网上报税，稍后收取申报及付款回执

2.企业未开通网上申报的又分“软盘申报”和“制表申报”

软盘申报是到税务局指定网址下载个调税申报软件，然后按要求录入相关个调税申报信息，并发送至软盘或U盘，报送税务局

表格申报就是手工填写个人所得税表报送税务局。