存疑不起诉又称证据不足的不起诉，是指依据《刑诉法》第一百七十一条第四款的规定，对于经过二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。对于经过一次退回补充侦查的案件，认为证据不足，不符合起诉条件，且没有退回补充侦查必要的，可以作出不起诉决定。证据不足的情形：

1、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;

2、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;

3、据以定罪的证据之间、证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的;

4、根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的;

5、根据证据认定案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的。

存疑不起诉法定不起诉的区别在于，存疑起诉是因为证据不充足，不能够起诉。而法定不起诉，则是根据法律的规定，绝对不会在对该案件进行起诉了。两个不起诉，就差在一个绝对性上面，后者的绝对性不会受其他因素的影响再继续进行。