1、全国统考和全国联考的报考学科不同。只能报考除工商管理硕士、公共管理硕士、旅游管理硕士、工程管理硕士、会计硕士、图书情报硕士、审计硕士、法律硕士外的学科(类别)、专业(领域)。而联考又分为管理类联考和法硕联考，管理类联考只能报考工商管理硕士、公共管理硕士、旅游管理硕士、工程管理硕士、会计硕士、图书情报硕士、审计硕士。法硕联考只能报考法律硕士(非法学)、法律硕士(法学)类别领域。

2、统考难度和联考完全不是同一个级别，效力也不一样，统考是正式招生，统考录取后名单上报教育部统一在学信网上注册学籍，毕业后有国家承认的研究生毕业证。联考针对在职人员的非学历教育，联考录取后没有学籍，满足一定条件后由学校发研究生课程结业证书（没有学历证书），但可以申请硕士学位。