1、结构不同：蕨类植物不会开花，没有种子；裸子植物有花粉管和种子。

2、繁殖方法不同：蕨类植物靠孢子繁殖，且有水才可繁殖；裸子植物可自行授粉结合成种子。

3、生长习性不同：蕨类植物生长在温暖、阴湿的环境下，不耐寒；裸子植物耐寒。

4、分布范围不同：蕨类主要分布在热带亚热带地区；裸子植物分布更广泛，南北半球都有。