诉讼时效的起算问题，应以合同约定的履行期限届满之次日开始计算，履行期限没有约定或约定不明确的，从确定的履行期限届满之次日开始计算。

因此，合同纠纷的诉讼时效仍应遵循此规定，从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。合同是否有效由人民法院通过判决或仲裁机构通过裁决确认，一方在起诉时合同效力并不确定，一方或双方也无权自行确定。因此当事人只能按照合同约定的期限主张权利，时效期间应从约定的履行期限届满之次日起计算。如企业之间的借款合同虽然无效，但时效的起算只能以约定的还款期限届满之次日为准，不能以银行款项借出之次日开始计算，也不能以出借人主张权利被借款人拒绝之次日开始计算，更不能以法院或仲裁机构确认合同无效之次日开始计算。

确认合同无效的诉讼时效一般为3年，法律规定应该从合同约定的履行期限届满之次日开始计算，当然实践中也可能出现起算时间不同的情况。

《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

第一百八十九条【分期履行债务的诉讼时效】当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。

第一百九十条【对法定代理人请求权的诉讼时效】无民事行为能力人或者限制民事行为能力人对其法定代理人的请求权的诉讼时效期间，自该法定代理终止之日起计算。

确认合同效力的纠纷的案件是有诉讼时效的限制的，诉讼时效的计算是按照合同履行期限进行却认定的，请求保护民事权利的诉讼时效的时间是三年，如果有其他的规定，按照规定进行。