一、专利纠纷案件如何处理是合法的？

专利纠纷处理方法有以下几种：

1、协商，其优点在于避免诉累、不伤和气、可由竞争对手变为合作伙伴。

2、请求行政机关处理，其优点在于程序简便快捷、可以及时制止侵权。

3、向人民法院起诉，其优点在于手段多、效力强，但程序复杂。

4、请求管理专利工作的部门处理或者调解;

协商是指双方当事人在知识产权纠纷发生后，在自愿互谅的基础上，按照有关法律的规定，通过直接的协商和谈判，自行达成和解协议，从而使纠纷得到解决的活动。

调解是指知识产权纠纷发生后，经双方当事人申请，由人民法院、仲裁机构或调解人从中协调，使双方当事人在自愿协商的基础上，互作让步，达成协议，从而使纠纷得到解决的活动。

被请求人所在地或侵权行为发生地的管理专利工作的部门。

认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内向人民法院起诉;侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行;

应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解;调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。

二、专利纠纷案件由谁管辖?

专利纠纷案件由知识产权法院、最高人民法院确定的中级人民法院和基层人民法院管辖。

原告可以在侵权地区法院提出诉讼，也可以在被告当事人户籍所在地，或被告当事人经常居住地区法院提出诉讼。

请求人就专利权属纠纷向人民法院提出起诉的，应当在提出起诉时，最晚在收到缴费通知书7日内缴纳诉讼费，否则该专利权属纠纷程序不能启动。

专利纠纷案件根据本身性质，可以分为三大类，

1、当事人不服专利局及其专利复审委员会处理决定的专利行政案件;

2、当事人之间的争议引起的诉讼，而专利侵权纠纷、专利合同纠纷;

3、专利犯罪案件，如假冒他人专利。

针对当事人之间的争议引起的纠纷，通常由被告所在省，自治区，直辖市人民政府所在地或经济特区的中级人民法院管辖，作为第一审法院。或者有侵权行为所在的省自治区，直辖市人民政府所在地的中级人民法院，或经济特区的中级人民法院管辖。

对于此类案件，不同的省市自治区或经济特区，也会有不同的规定，例如在广东省，深圳市以外的的专利案件，统一由广州知识产权法院管辖。对于第三类专利犯罪案件，由犯罪地的人民法院管辖。

《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第2条第1款规定：“专利纠纷案件由知识产权法院、最高人民法院确定的中级人民法院和基层人民法院管辖。”

知识产权法院是由十二届全国人大常委会第十次会议决定建立的审判机构，设立在北京、上海和广州。

因侵犯专利权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。

住所地人民法院应当是最高人民法院确定的中级人民法院和基层人民法院。

我国的专利纠纷的案件是我国的常见的民事侵权案件的类型之一，此时我们需要注意的是，在遇到相关的侵权行为的时候，要注意保护自己的知识产权等。