河蟹为雌雄异体，区别性别的特征主要是腹脐。幼蟹阶段，性腺尚未分化，腹脐基本上都呈三角形。用早苗或幼蟹培育蟹种的池内，如饵料丰盛，当年可养成小规格的成蟹，性腺已成熟；一般的蟹性腺二龄开始发育，副性征明显从腹脐上区分，团脐为雌蟹，尖脐为雄蟹。

雌蟹生殖器官由卵巢和输卵管所组成。成熟时卵巢饱满，分左右两叶分布在体内两侧并相互融联。可明显地见到紫酱色或豆沙色的卵粒．输卵管较短，末端有一对贮精囊，是交配后贮存精子的白色囊状组织。雌孔开口在第五节腹甲上，上有一个三角形骨质突起，是交配时雄蟹交接器挂钩之处。

雄性生殖器官由精巢和输精管组成，分左右两叶，乳白色，在心脏和胃之间融接。输精管在精巢的下方，和副性腺汇合后开口于腹甲第七节上，开口处有阴茎，腹肢有两对交接器，用来交配输精。