金刚菩提子应存放在阴凉、干燥、通风良好的地方，不能放在阳光直射的地方。最好使用密封袋或玻璃瓶保存，避免与湿气或空气接触。此外，金刚菩提子也要避免与其他香料或灵物存放在一起，这些物质可能会影响甚至损坏它的能量场。需要定期检查，如果发现变质或者出现异味，应及时更换新的金刚菩提子。