1、牧云笙结局是他放弃了皇位，去找心爱的女人了。在《海上牧云记》的大结局中，牧云笙选择在牢狱中居住，他不理朝中之事，将所有的事情交给虞心忌打理，并且让他把金珠送到牢房里。

2、在牢房里牧云笙将所有的金珠扔到地上，并且释放出笼中的金虫，让它们食用金珠。牧云笙在崩塌的地板下发现了一块玉，这块玉精致美艳，似乎有着另外的意义。牧云笙并不知道这块玉就是传国玉玺，只是觉得它浑然天成是世间罕见的珍品。

3、正在这时，龙锦焕来到牢房，他提起了二人在昔日的约定，希望牧云笙能够按照约定帮助魅族开设净土。牧云笙觉得盼兮既然已经死去，龙锦焕以前说的就都是谎言而已。龙锦换拿出了手中的白色曼陀罗，他告诉牧云笙，盼兮有复活有可能，她的精神游丝会在开满曼陀罗花的地方重新凝结成身体。