保温杯泡菊花茶并无特别的危害，但需要注意以下事项：

1. 长时间放置：若将泡好的菊花茶长时间存放在保温杯内不饮用，会导致茶汤变质，增加细菌滋生的几率，对身体健康不利。

2. 菊花茶不适合过热：将热水直接倒入保温杯后再泡菊花茶，可能会使茶中的花清增加苦味，影响口感。因此保温杯泡菊花茶时，应注意水温要适当，不宜过热。

3. 过敏反应：对于某些人群可能会有菊花过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹等，而泡菊花茶更容易诱发过敏反应，因此泡菊花茶时应注意适量饮用，更要遵循个人身体状况及建议。

因此，若饮用保温杯泡菊花茶，应注意及时饮用，不可过热或过久放置在保温杯内，也需注意自身身体反应，以免引发不必要的健康问题。