1、 最根本的区别：牡丹是能长到2米高大的木本植物，芍药是不高于1米矮小的(宿根块茎)草本植物。

2、 开花期：牡丹比芍药花期早。牡丹一般在4月中下旬开花，而芍药则在5月上中旬开花。二者花期相差大约15天左右，俗称“气死牡丹”。牡丹在暮春三月开花，芍药在春末夏初开花，故有“谷雨三朝看牡丹，立夏三照看芍药”之说。

3、 花形：牡丹的花朵着生于花枝顶端，多独朵顶生.花径一般在20厘米左右，有的可达30cm;而芍药的花是一朵或数朵枝顶生或腋生，花径在15厘米左右，花较牡丹迟开约一个月，故有“谷雨之朝看牡丹，立夏之朝看芍药”之说 。

4、 叶子：牡丹叶片宽大，叶互生，正面为绿色反面略带黄色，无毛，背面有白粉，而芍药则近花处为单叶，叶片狭窄较有光泽正反两面均为浓绿色且叶片较密。

5、 秆茎：牡丹的茎为木质，是多年生灌木，相通粗壮繁多，落叶后地上部分不枯死，因此牡丹又有“木芍药”之称;芍药茎为草质、属多年生宿根草本花卉，落叶后地上部分枯死。因此芍药又有“没骨花”之称(宿根花卉，多年生草本，当年秋未、冬初地上部份枯死，地下根茎第二年仍能重新长出新的植株，这种花称为“没骨花”)。