刑罚，是追究单位犯罪主体刑事责任的主要方式。由于世界各国对单位犯罪的认识不同，不同国家不同时期对单位犯罪的处罚方式亦有所不同。概括起来，有单罚制和双罚制两种。我国刑法第31条规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。”从而以立法的方式确立了我国对单位犯罪的刑罚制度是“以双罚制为原则，单罚制为补充。”

(一)双罚制。所谓双罚制，是指对单位犯罪，既要处罚单位，又要处罚单位中的直接责任人员。这里的直接责任人员，包括单位犯罪中的直接负责的主管人员和其他直接责任人员。双罚制是一种较为合理且有效的处罚单位犯罪的制度。

双罚制是对单位组织体的犯罪行为的综合性的全面处罚。这种处罚，最后必然要直接或间接地落到单位内部成员的头上，根据单位内部成员在单位犯罪中所处的地位和作用不同，使他们分担不同的责任，不但合理而且公正。

双罚制符合我国刑罚体系的特点。我国的刑罚体系是由主刑(生命刑和自由刑)和附加刑(财产刑和资格刑)所组成的一个科学的多样化的结构体系。双罚制和我国刑法关于主刑和附加刑可以同时适用的精神是一致的。

双罚制有利于实现我国刑罚的目的，对于单位犯罪的特殊预防和一般预防都有十分重要的作用。

现行刑法对单位犯罪多数采用的是双罚制，但是在对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员的处罚问题上又作了两种不同的规定：一种是规定对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照个人犯该罪的法定刑处罚;另一种是对有关的责任人员单独规定不同于个人犯该罪时的独立的法定刑(通常低于个人犯该罪的法定刑)。例如，按刑法第383条规定，个人犯受贿罪的，法定最高刑为死刑，而第387条规定，单位犯受贿罪的，除对单位判处罚金以外，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役。

(二)单罚制。所谓单罚制，是指对单位犯罪，只处罚单位中的直接责任人员或者只处罚单位本身。前者称为代罚制，多为大陆法系原先所采用;后者称为转嫁制，多为英美法系原先所采用。笔者认为，无论是代罚制，还是转嫁制，都存在着严重的缺陷。代罚制，“只处罚为单位谋取非法利益的自然人而不处罚作为犯罪真正主体的单位，有悖于刑法罪责自负的原则，失却了刑法的公正性”，它难以达到刑罚的目的。事实上，单位组织可以通过牺牲个别成员的办法达到其犯罪图利之目的，后果是不堪设想的。而转嫁制，只处罚单位而不处罚与犯罪有关的自然人，将单位中个人的行为所引起的刑事责任由单位承担，这表现了另一种形式的不公，客观上会使得自然人假借单位名义实施犯罪而个人不负责任，同样难以达到遏制单位犯罪的目的。