运输合同由司机签是有效的。具体还要看合同内容对于双方责任和义务的规定。货物运输中出车祸货物损坏，这涉及到货物风险转移问题，主要看合同怎么约定。
【法律依据】
《民法典》第八百三十一条，收货人提货时应当按照约定的期限检验货物。对检验货物的期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，应当在合理期限内检验货物。收货人在约定的期限或者合理期限内对货物的数量、毁损等未提出异议的，视为承运人已经按照运输单证的记载交付的初步证据。
《民法典》第八百三十二条，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任。但是，承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担赔偿责任。