一、公司互负债务如何申请执行?

存在公司互负债务的情况，需要根据具体案件，具体全面分析再处理，参考债的抵消的法律规定，债的抵消是指二人互负债务时，各以其债权充当债务的清偿而使其债务与对方的债务在同等数额内互相抵消。

双方互享债权、互负债务为双方行使抵消的前提条件。另外，当事人双方存在的两个债权债务关系，须均为合法存在。其中任何一个债为不法，均不得主张抵消。如果双方互负债务的标的物种类不同，如允许抵消，则不免使一方或双方当事人的目的难以实现。用以抵销的通常是同种类的货币或者十五。如果种类相同而品质不同，用品质较高者与品质较差者抵消时，对于被抵消人并无不利，应当允许。如果一方或者双方的债权标的物为特定物，原则上不允许抵消，尤其是以种类物债权抵销特定物债权时，更不允许。

二、如何证明公司债务已清偿?

当债权人拒绝承认清偿的效力时，债务人应予以证明：

(一)明确公司债务的举证责任。根据《民事诉讼法》的基本规定，当事人对其提出的诉讼请求应该提供证据予以证明。具体的举证责任会在债权人和债务人之间进行分配：

1、由债务人进行举证的情形。这时公司债务清偿后最常见的情形，收到债款的一方出具收条或者财务专用发票，写明具体的事由、款项，然后由债务人保存，债务人主张债款清偿的，应当出具该证明。

2、由债权人举证的情形。破产债权中，债权人想从破产财产中取得自己的债权，必须证明有合法有效的债权存在，之后才能依合同关系或者其他法律关系提出诉讼请求。

(二)保存真实有效的证据。在买卖交易过程中，口说无凭，即使是熟人，也应该在借款或收款中出具收条或者借条，没事当然好，发生纠纷了，这种书面证据会起很大的作用。

公司互负债务时，可以参考债的抵消规定申请执行，当债权人拒绝承认清偿的效力时，债务人应当提供相应的证明，首先要明确公司债务的举证责任，包括两种情形，由债务人进行举证，或由债权人进行举证。其次要保存真实有效的证据。如果债务人是公司的法人，当其财产不足以清偿全部债务时，可以申请破产。