1.合同本身的法律性质不同

编制内入职合同调整的是政府对公共组织及其工作人员的人事管理行为和工作人员行为规范，属于公法调整范畴。而劳动合同规范的是企业与劳动者之间的劳动关系，属于私法调整范畴。

2.合同主体的权利义务关系不同

企业的劳动合同是纯粹的民事合同，合同中所规定的权利与义务对当事人来讲基本上是平等的。民事合同强调契约的自由性、合意性，一般不会发生不确定的权利或义务关系，即使发生，双方均可自由协调解决，解除合同。

3、工资制度不同

事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照国家规定的标准支付。按照国家有关规定，事业单位的专业技术 人员分别实行不同类型的工资制度，如专业技术人员职务等级工资制、专业技术人员职务岗位工资制、事业单位的专业技术人员分别实行不同类型的工资制度，因此，事业单位与聘用人员订立编制内入职合同的内容不仅反映该事业 单位的意志，也应当体现国家宏观管理的内容。

4、管理监督部门不同

按照国务院各部门的职能分工，目前，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。

劳动者加入企业、个体经济组织、事业组织、国家机关、社会团体等用人单位，成为该单位的一员，承担一定的工种、岗位或职务工作，并遵守所在单位的内部劳动规则和其他规章制度;用人单位应及时安排被录用的劳动者工作，按照劳动者提供劳动的数量和质量支付劳动报酬，并且根据劳动法律、法规规定和劳动合同的约定提供必要的劳动条件，保证劳动者享有劳动保护及社会保险、福利等权利和待遇。

综上所述，劳动合同是以劳动形式提供给社会的服务民事合同，是当事人各方在平等协商的情况下就某一项劳务以及劳务成果所达成的协议。一般是独立经济实体的单位之间、公民之间以及相互之间产生。编制内入职合同属于劳动合同的一种，是确立聘用单位与应聘的劳动者之间权利义务关系的协议，以招聘或聘请有特定技术业务专长者进入编制内为目的的一种合同。