一、处理专利代理合同纠纷的方式有哪些

从我国《民法典》规定处理合同纠纷的方式看，主要有三种方式，一是调解，二是仲裁，三是诉讼。

1、调解

2、仲裁

仲裁是仲裁机构对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。合同纠纷的仲裁前提，必须是在合同中规定有明确清楚的仲裁条款，或者在产生纠纷后双方达成进行仲裁处理的协议。仲裁的决定对双方都具有法律的拘束力，必须执行，对不履行仲裁裁决的，另一方可申请人民法院强制执行。

3、诉讼

诉讼是指专门的司法机关，即人民法院按照《民事诉讼法》 的规定对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。这也是目前使用最普遍的一种方法。对于专利合同纠纷，如果合同中未规定仲裁条款，纠纷发生后，又未达成仲裁协议，纠纷双方均可依法向有管辖权的人民法院提起诉讼，人民法院按照诉讼程序对专利合同纠纷作出审理裁判。

由于调解并不发生法律效力，因此，国家并未专门设置调解合同纠纷的机构。可见，处理合同纠纷的机构就只有进行仲裁的仲裁机构和进行诉讼的人民法院。

二、专利合同纠纷相关法律规定有哪些?

《专利法》第六十五条

未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决;不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉;

侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解;调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。

最后，如果专利合同出现了问题。最合适的解决办法是双方进行调解或者让仲裁机构仲裁，如果是涉及的问题比较复杂，也可以直接去人民法院申请诉讼解决，一审判决结果不满意的，可以申请二审。