1、耐旱性不同：巨菌草的耐旱能力强于皇竹草。2、适口性不同：皇竹草叶片上绒毛较多，口感较差；巨菌草叶嫩多汁、适口性强。3、营养成分不同：巨菌草粗蛋白含量高达18.46%，皇竹草为12.3%；巨菌草水分为11%，皇竹草为6%。4、产量不同：巨菌草产量比皇竹草高，巨菌草产量海南基地示范地块上亩产可达32吨，而皇竹草产量仅为巨菌草的60%左右。

一、耐旱性不同

巨菌草的耐旱能力强于皇竹草。巨菌草和皇竹草在菌草中心海南基地经过8、9月份的高温、干旱考验，在不浇水的情况下，皇竹草第36天旱死，而巨菌草在9月份测试结束后依旧存活。

二、适口性不同

皇竹草叶片上绒毛较多，口感较差。巨菌草叶嫩多汁、适口性强、富含多种微量元素，牛羊等食草性动物都比较喜欢食用。

三、营养成分不同

巨菌草粗蛋白含量高达18.46%，皇竹草为12.3%；巨菌草水分为11%，皇竹草为6%；巨菌草富含硒、镁、锌、磷、钾、钙等10多种微量元素，皇竹草仅含6种。

四、产量不同

1、巨菌草分蘖能力强于皇竹草，因此产量比皇竹草高出许多，巨菌草产量海南基地示范地块上亩产可达32吨，而皇竹草产量仅为巨菌草的60%左右。

2、种植一亩巨菌草可供3-5头牛，30-35只羊。种植一亩皇竹草可供1.8-3头牛，18-21只羊。

3、从生长能力来看，菌草中心院内的展示巨菌草已经存活40年，皇竹草仅为6年（根据记录显示）。