柠檬的苦味主要来自柠檬皮中的化合物，特别是柠檬皮中的一种称为柠檬苦素（limonin）的化合物。当柠檬皮被咬碎或剥下来时，柠檬苦素会释放出来，给柠檬带来苦味。

柠檬苦素是一种有机化合物，属于倍半萜类物质，广泛存在于柑橘类水果中。它具有苦味和苦涩的特点，这是由于它与味蕾中的苦味受体结合，发送苦味信号到大脑。

柠檬苦素在柠檬果肉中的含量相对较低，因此柠檬肉的味道主要是酸的。但是，当柠檬的皮被使用时，比如在调味料或食品制作过程中，柠檬苦素的含量增加，从而让柠檬味道变得更加苦涩。

此外，酸度也可以影响柠檬的味道。酸度越高，柠檬的味道会更加酸，对于柠檬片或柠檬果汁来说，酸味可以掩盖苦味，使柠檬更加令人愉快。