1. 酵母菌：广泛应用于面包、啤酒、葡萄酒等食品和饮料的发酵。

2. 乳酸菌：常用于酸奶、奶酪、发酵蔬菜等食品的制作，也用于某些药物和保健品的生产。

3. 醋酸菌：用于食醋的制作，也有一定的应用于药物和有机化工产品的生产。

4. 嗜热菌：被广泛应用于食品加工和医药工业。常用于产生食源性菌毒素的有毒菌株的杀灭。

5. 微生物群：是指在食品发酵中常见的一组菌种，包括乳酸杆菌、酵母菌和酪酸芽孢杆菌等，是很多发酵食品中的重要菌群。

6. 曲霉菌：广泛应用于豆腐、汾酒、酱油、味噌等食品的发酵，也用于生产橙色素、蜜环素等工业产品。