差异指示种通常指一组有着明显生态、形态等方面差异的生物个体或物种，其中的差异通常与它们所处的不同环境和适应方式有关。这种差异指示通常被用于描述不同的遗传变异或亚种群体差异。在生态学和进化生物学研究中，利用差异指示种可以对生态定位、基因流、适应性进化、物种形成等问题进行研究。常用的差异指示种技术包括PCR-RFLP、AFLP、SSR等分子标记技术。