1. 容易导致传染病：发酵床养鸡需要堆积大量的有机物，容易引起细菌、霉菌和寄生虫的繁殖，从而增加鸡群患病的风险。

2. 空气质量差：堆积有机物和鸡舍内大量的鸡粪会产生大量氨气和硫化氢，导致空气质量降低，从而影响鸡群的健康和生产性能。

3. 对环境造成污染：不恰当的发酵床管理可能导致臭气、噪音和有害气体的排放，对周围的环境和居民造成污染，同时也会增加土壤和水源的污染风险。

4. 成本高：发酵床养鸡需要定期更换和处理鸡舍内的有机物和废弃物，同时需要购买更多的有机材料和消毒剂，因此成本较高。

5. 维护困难：发酵床养鸡需要专业知识和技能，不恰当的管理可能导致鸡群患病、死亡率增加和生产性能下降等问题，同时还需要定期维护和清洁鸡舍和设备。