1、管径不同。尺八管径大（上端内径约2.1厘米），洞箫管径小（上端内径约1.6厘米）。

2、音色不同。尺八音色深沉浑厚，箫音色清亮秀雅。

3、长短不同。尺八管短，下端无调音孔，箫管长，下端有一对（凤眼）或两对调音孔。

4、孔数不同。现代日本尺八为我国宋代的遗制为五孔，箫为六孔。

5、吹口不同。尺八的吹口是反切的（所谓“剡其上”，形如新月），箫的吹口是向内挖的半圆形。