第一，主体不同。在间接代理合同中，法律对代理人的主体资格没有特别的限制规定，只要是具有相应的民事行为能力的人，即可以成为代理人。而在行纪合同中，行纪人的主体资格受到限制，根据法律规定，只有经批准有权从事行纪业务的自然人、法人或相关组织才可以成为行纪人。

第二，是否可以行使介入权、选择权不同。在间接代理中，如果第三人在订立合同时知道受托人与委托人之间的代理关系，则合同直接约束受托人和第三人。而如果第三人在订立合同时不知道委托人与受托人之间的代理关系，根据法律规定，如果受托人因第三人的原因对委托人不履行义务，受托人应当向委托人披露第三人，委托人此时可以行使介入权，主张受托人对第三人的权利。当受托人因委托人的原因对第三人不履行义务，受托人应向第三人披露委托人，第三人可以行使选择权，选择受托人或者委托人作为相对人主张其权利。

因此，在签订合同时，如果第三人不知道受托人与委托人之间的代理关系，则可以通过受托人的披露而使得委托人行使介入权，第三人行使选择权。而行纪关系由两个独立的法律关系组成，合同应当分别履行。行纪人与第三人订立合同的，行纪人对该合同直接享有权利，承担义务。第三人不履行义务导致委托人的利益受损害，行纪人应该承担损害赔偿责任，而第三人即使知道委托人是谁，也不能越过行纪人而直接与委托人发生法律关系。

第三，定性不同。行纪合同是有偿的，行纪人都是专门从事行纪业务的经纪人，其所从事的业务一般仅为商事活动。而在间接代理中，代理人没有主体资格的限制，其代理的范围不仅包括商事或外贸代理，而且包括一般的民事活动，既可能是有偿的也可能是无偿的。

行纪合同是指行纪人以自己的名义为委托人从事贸易活动，委托人支付报酬的合同。委托他人从事贸易活动的人为委托人，接受委托从事贸易活动的人为行纪人。

由委托人与代理人签订代理协议，授权代理人在一定范围内代表他向第三者进行商品买卖或处理有关事务(如签订合同及其它与交易有关的事务等)。

与代理相比，首先，行纪是以自己的名义为法律行为，而直接代理是以被代理人的名义为法律行为。因此，行纪的法律效果直接归属于行纪人，间接归属于委托人。

其次，通常情况下，行纪人从事的是贸易行为，而代理人的行为则不限于贸易行为。

最后，行纪多为有偿行为，而代理则包括无偿代理。与代理不同，行纪 人与第三人订立合同产生的权利、义务要由行纪人自己承受，委托人与第三人之间不直接发生法律上的权利义务关系。所以，行纪人的风险比代理人大得多。正因为 如此，代理人的代理活动可以有偿，也可以无偿;代理人可以是法人，也可以是公民个人。而行纪人的活动都是有偿的，并且从事行纪活动的，一般要求是能够承担 风险，有法人资格的组织。

随着我国的社会经济水平的不断发展，我国的民事合同的签订的数量也是在不断地上升的，此时需要注意的是，行纪合同和代理的区别在于行纪是以自己的名义为法律行为，而直接代理是以被代理人的名义为法律行为;行纪人从事的是贸易行为，而且多为有偿行为，而代理则不然。