发酵工程作为一个学科从20世纪50年代开始发展，经历了以下几个阶段。

1. 创始期（1950年代-1960年代）

发酵工程的创始人是英国化学家Arthur E. Humphrey和美国化学家Edward L. Tatum。他们在20世纪50年代研究发现微生物在发酵过程中会产生有用的代谢产物，从而奠定了发酵工程的基础。

2. 发展期（1970年代-1980年代）

在这个阶段，发酵工程开始应用于工业生产，研究者们逐渐掌握了发酵过程的关键控制参数，比如温度、pH值、氧气供应等等。此外，利用遗传工程技术来改善微生物的代谢能力，也成为了研究的热点。

3. 创新期（1990年代-2000年代）

在这个阶段，中国开始走向世界，并且发酵工程得到了快速发展。利用新的材料、新的生物反应器和新的发酵工艺，发酵工程实现了更大规模、更高效率的工业化生产。此外，发酵工程进一步与其他学科交叉，如微生物学、遗传学、系统生物学等，推动了发酵工程理论与生产技术的发展。

4. 新时代（2010年代至今）

在当今的新时代，发酵工程在生物制造、生物医药等领域表现出越来越重要的作用。随着新技术的不断涌现，发酵工程还将面临新的挑战和机遇。