生物工程发酵专业毕业生的就业方向主要包括以下几个方面：

1. 生物制药企业：生物工程发酵专业毕业生可在生物制药公司从事新药研发、生产、质量控制等工作。

2. 食品饮料企业：生物工程发酵专业毕业生可在食品加工企业从事食品、饮料、酒类等产品的研发及工艺控制等工作。

3. 环保企业：生物工程发酵专业毕业生可从事生物废水处理、垃圾处理等环保领域中的研发及工艺控制等工作。

4. 科研院所：生物工程发酵专业毕业生可在科研机构从事基础研究、应用研究、技术转化等工作。

5. 教育机构：生物工程发酵专业毕业生可在高等院校从事生物工程、生物化学、微生物学等专业的教学及科研工作。

总体来说，生物工程发酵专业的就业前景较为广阔，毕业生就业形式丰富，能够在不同的领域中发挥自己的才能和专业技能。