红茶菌可能会引起以下副作用：

1. 消化问题：红茶菌中含有酸性物质，可能会引起胃肠道不适、腹泻等消化问题。

2. 发酵产物：在制作红茶菌饮料的过程中，会产生乙醛、乙酸、乳酸等化合物，可能会产生异味。

3. 酮症酸中毒：红茶菌饮料中含有大量乳酸和酒精，摄入过量可能会引起酮症酸中毒。

4. 糖尿病患者：红茶菌饮料中含有大量糖分，糖尿病患者应该谨慎服用。

5. 免疫系统问题：红茶菌饮料中含有微量的酵母菌、真菌等，对于免疫系统较为薄弱的人群可能会造成不良影响。

总的来说，红茶菌已经被广泛认为是一种安全健康的食品，但是在食用时仍应该注意适量和品质。