菊花茶隔夜后变成绿色可能是由于以下原因：

1. 水质问题：如果使用的水中含有较高的铁、钙等金属离子，茶水中的花色素会与其结合，导致茶水变色。

2. 存放问题：如果菊花茶隔夜未及时放入冰箱或密封保存，可能会导致茶水受到空气、光线或细菌等污染，从而影响其颜色和口感。

3. 花材质量问题：选用劣质的菊花可能会导致茶水变色。

建议使用纯净水冲泡菊花茶，隔夜后及时放入冰箱保存，并注意选择优质的花材。