1. 环境难以控制：发酵床需要不断进行转动和喷水，这使得环境很难受到严格控制，可能会影响鸭的生长和健康。对于发酵床内的垃圾和其他杂物，会使环境变得异常，不利于鸭农业的长期发展。

2. 难以清洁和卫生：鸭舍中发酵床需要经常清理，以维持卫生条件。但是，废物和污垢会积聚在床上，这需要劳动力去清理，这会导致劳动力和时间成本的增加。

3. 成本高：发酵床需要大量的苜蓿、麦草等有机材料来作为垫料。这些投入成本往往很高，导致鸭养殖成本也就很高。

4. 技术难度较高：养殖者需要掌握发酵床的使用方法和技巧，还需要了解维护和管理的知识，以确保鸭的健康和生产效益。

5. 需要大量的空间：发酵床需要大面积的地方，这对于规模较小的鸭农业来说会造成一定的困扰。如果规模较小，可能会出现不便于管理和卫生的问题。