发酵工程的应用非常广泛，主要包括以下几个方面：

1. 食品工业：发酵工程是制作很多食品的基础，如酸奶、酱油、味精、酒类等。

2. 医药工业：许多药物的生产都需要发酵过程，在药物的生产加工过程中，发酵工程是关键的步骤之一。

3. 环保工业：生物法处理污水和固体废物处理技术都需要发酵工程。

4. 能源工业：发酵工程在生产生物质能源的中起到重要的作用。

5. 生物学研究：许多生物学研究实验需要发酵技术作为基础，研究发酵过程在生物学中的机制和应用。

总之，发酵工程在许多工业和学术领域都具有广泛的应用和重要的作用。