黄玉和石英是两种不同的矿物，它们在化学成分、结构和物理性质上有明显区别。

1. 化学成分：黄玉是一种硅酸盐矿物，主要由硅氧化物组成，它常含有微量的铁、镁和钇等元素。石英也是一种硅酸盐矿物，但它不含有其他元素。

2. 结晶结构：黄玉的晶体结构属于单斜晶系，晶胞形状呈纤维状或柱状；石英的晶体结构属于三斜晶系，晶胞形状呈六角柱状。

3. 颜色：黄玉的颜色主要是黄色、棕黄色或淡黄色；石英的颜色则多种多样，包括透明、白色、紫色、粉红色、绿色等。

4. 光学性质：黄玉的光学性质包括玻璃光泽和丝状光泽等；石英的光学性质包括玻璃光泽、油脂光泽和树脂光泽等。

5. 硬度和密度：黄玉的硬度一般在6.5到7之间，密度约为3.2~3.4 g/cm；石英的硬度为7，密度约为2.65 g/cm。

综上所述，黄玉和石英在化学成分、结晶结构、颜色、光学性质、硬度和密度等方面存在明显区别。